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plateforme lipidomique

publié le , mis à jour le







Responsables : Laetitia Fouillen, Sébastien Mongrand

Laetitia Fouillen est ingénieur de recherche (IR) au CNRS. Initialement formée comme chimiste à l’Université Paris-Sud et de Strasbourg (France), elle obtient sa thèse en chimie analytiques en 2009 à l’Université de Strasbourg (LSMBO, Dr A. Van Dorsselaer). Ensuite, elle rejoint le Département de Physiologie à l’Université de Fribourg (Suisse) pour un post-doctorat en neuropeptidomique. En 2011, elle intègre le LBM et est responsable de la plateforme lipidomique. (Lien ORCID).








Sébastien Mongrand est DR2 au CNRS. Il a défendu thèse en 1998 au LBM portant sur la biosynthèse des lipides chloroplastiques. Après un post-doctorat de trois ans à l’université de Rockefeller (New-York, Etats-Unis) travaillant sur la voie de signalisation de l’ABA, il a été recruté au CNRS en 2002. Il est maintenant co-responsable de l’équipe « "Lipides, Compartimentation, Trafic et Morphogenèse chez les plantes et la levure" avec P. Moreau. Il est animateur scientifique de la plateforme lipidomique.






Contact :
Tél : 05 57 12 25 37
E-mail:laetitia.fouillen@u-bordeaux.fr


Membres de la plateforme : P. Van Delft, E. Testet, F. Domergue, M. Le Guédard, J.J. Bessoule






























Activités

Depuis 2005, le LBM a créé un pole d’analyse des lipides faisant partie intégrante de la plateforme Métabolome de Bordeaux du Centre Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB) et de l’infrastructure nationale en métabolomique et fluxomique MetaboHub.

Le pôle Lipidome fédère les outils et les savoir-faire pour l’analyse (identification, caractérisation, quantification) des lipides dans leur grande diversité. Il est dédié à l’étude de nombreux organismes, allant des plantes, aux animaux en passant par les levures.

La plateforme Métabolome sert de support aux recherches en biologie, écophysiologie, génomique fonctionnelle et génétique dans le cadre de collaborations régionales, nationales et internationales. Elle sert également à l’analyse de produits dérivés de plantes et de divers organismes. Elle est notamment utilisée pour l’établissement et l’interprétation de profils lipidomiques, l’identification et l’analyse structurale de lipides et l’analyse fonctionnelle du métabolisme des lipides.

La plateforme permet d’obtenir l’identification, la caractérisation ou la quantification (absolue ou relative) de divers lipides :

-  Quantification par densitomètrie des classes de lipides
-  Identification et quantification d’acides gras (de longue chaines, hydroxylé…), de waxes, de composés de la cutine et de la subérine, des « long chain based » (LCB)
-  Quantification relative des espèces moléculaires de phospholipides (PC, PE, PG, PS, PI and PIPx), lipides neutres (TAG, DAG, steryl ester…).
-  Régiolocalisation pour les espèces moléculaires de TAG
-  Quantification des Alkyl HydroxyCinnamates (alkyl ferulate, alkyl coumarate et alkyl caffeate)
Les extractions et analyses peuvent être adaptées aux matériels biologiques utilisés.

Développement analytique

Les développements analytiques en cours concernent les sphingolipides de plantes, les galactolipides et les phosphoinositides majoritairement par LC-MS.

Équipement
Pour nos analyses de lipides, nous utilisons différentes technologies : TLC, GC-FID, GC-MS et LC-MS.



Les équipements analytiques peuvent être en mis à disposition après une formation spécifique : Réservation

Sélection d’articles :

  • Wattelet-Boyer V. et al (2016) “Enrichment of hydroxylated C24- and C26-acylchain sphingolipids mediates PIN2 apical sortingat trans-Golgi network subdomains” Nat Commun. 2016 Sep 29 ;7:1278
  • Tabet R., et al (2016) « Fragile X Mental Retardation Protein (FMRP) controls diacylglycerol kinase activity in neurons » Proc Natl Acad Sci U S A 113(26):E3619-28
  • Delude C. et al. (2016) “Primary alcohols are major components of suberized root tissues of Arabidopsis in the form of alkyl hydroxycinnamates”.Plant Physiology, 171 : 1934-1950
  • Buré C., et al. (2016) “Branched glycosylated inositolphosphosphingolipid structures in plants revealed by MS(3) analysis”. J Mass Spectrom, 51(4):305-8
  • Doignon F. et al. (2016) “Requirement of phosphoinositides containing stearic acid to control cell polarity.” Mol Cell Biol, 36:765-780

Anciens membres :
2012 Mélanie Onofre (Stagiaire BTS), 2014 Lionnelle Belanga (Stagiaire BTS), 2015 Julie Pinelli (AI MetaboHub) et Florian Payen (Stagiaire M2), 2016 Sylvain Kenan (AI MetaboHub), 2017 Salimata Diarrassouba (AI MetaboHub)